秋季九月，曹操回到了鄄城。
呂布到了乘氏縣，被當地人李進打敗了，向東駐紮在山陽。
這時袁紹派人來遊說曹操，想與他聯合。
當時曹操剛剛丟掉兗州，軍隊的糧食也吃完了，就想答應袁紹。
程昱勸阻曹操，曹操聽從了他的建議。
冬季十月，曹操來到東阿縣。
這一年，一斛穀子能賣到五十多萬錢，出現了人吃人的現象。
曹操就把新招募來的軍吏與士兵遣散了。
這時陶謙去世，劉備接替他為徐州刺史。
興平二年春季，曹操襲擊定陶。
濟陰太守吳資守住了南城，冇有被攻占。
正趕上呂布到來，曹操打敗了他。
夏季，呂布部將薛蘭、李封駐紮在钜野，曹操去攻打他們，呂布來救薛蘭，薛蘭被打敗，呂佈於是逃走，曹操斬殺薛蘭等人。
呂布又從東緡出發，與陳宮率領一萬多人來交戰。
當時曹操的兵力很少，就設下埋伏，派出奇兵襲擊敵人，大敗呂布。
呂布連夜逃走，曹操再次發動進攻，占領了定陶，分派兵力平定了所轄各縣。
呂布向東逃跑，投奔劉備，張邈跟隨呂布，讓弟弟張超率領家人守衛雍丘。
秋季八月，曹操包圍了雍丘。
冬季十月，皇帝封曹操為兗州牧。
十二月，雍丘被攻克，張超自殺。
曹操殺光了張邈的家人。
張邈到袁術那裡求援，被袁術的部下殺死。
兗州平定了，曹操就向東去攻打陳國地區。
這一年，長安發生動亂，皇帝向東遷移，在曹陽被叛軍打敗，渡過黃河到了安邑。
建安元年春季正月，曹操的軍隊來到武平，袁術任命的陳國相國袁嗣投降。
曹操要去迎接漢獻帝，各位將領中有人心存疑慮。
荀彧、程昱勸說曹操，於是派曹洪領兵向西去迎接。
衛將軍董承與袁術的部將萇奴占據險要地形阻攔，曹洪冇辦法前進。
汝南、穎川的黃巾軍何儀、劉辟、黃邵、何曼等人，各自聚眾數萬人，最先響應袁術，後又依附孫堅。
二月，曹操進軍討伐打敗了他們，將劉辟、黃邵等人斬首，何儀和他的部下全部投降。
漢獻帝封曹操為建德將軍，夏季六月，又升任鎮東將軍，封費亭侯。
秋季七月，楊奉、韓暹把漢獻帝送回洛陽。
楊奉另行駐紮在梁國。
曹操便來到洛陽，保衛京都，韓暹逃走了。
漢獻帝授予曹操假節鉞的權力，總領尚書事。
洛陽破敗，董昭等人勸說太祖遷都到許縣。
九月，皇帝的車駕出了轅轅關向東去，封曹操為大將軍、武平侯。
自從皇帝西遷以來，朝政日益混亂，到了這時宗廟社稷、典章製度才又開始建立起來。
皇帝東遷的時候，楊奉在梁國想截擊他們，卻冇有趕上。
冬季十月，曹操征討楊奉，楊奉向南逃走並投奔了袁術。
曹操就攻打楊奉在梁國的營地，最終攻克。
這時朝廷任命袁紹為太尉，袁紹因為職位在曹操之下感到恥辱，不肯接受。
曹操覺得也就個虛銜就堅決辭去職務，把大將軍的位置讓給袁紹，皇帝任命曹操為司空，並暫時代理車騎將軍的職務。
這一年,曹操采納了棗祗、韓浩等人的建議，開始開展屯田。
呂布襲擊劉備，奪取了下邳。
劉備來投奔曹操。
程昱勸曹公說：“我看劉備有雄才大略，並且深得人心，終究不會居於人下，不如儘早除掉他。”
曹操說：“現在正是吸納英雄的時候，殺一個人卻失掉天下人心，不可以這樣做。”
張濟從關中逃到南陽。
張濟死後，他的侄子張繡統領了他的部眾。
建安二年春季正月，曹操到了宛城。
張繡投降了，因為曹操對張繡的輕蔑及對他嬸嬸的侮辱，張繡感到深深羞辱奮起反擊。
曹操和張繡交戰，軍隊戰敗了，自己被流箭射中，長子曹昂、侄子曹安民都被殺害。
曹操於是領兵退回舞陰，張繡率領騎兵來包抄，曹操把他們打敗了。
張繡逃往穰縣，與劉表會合。
曹操對眾將領說：“我招降了張繡等人，冇有馬上扣留他們的家人做人質，以致造成這樣的失敗。
我知道失敗的原因了。
各位看著吧，從今以後，我不會再失敗了。”
於是下令回到許縣。
袁術想在淮南稱帝，派人告訴呂布。
呂布逮捕了袁術的使者，把他的書信上交朝廷。
袁術覺得被辜負從而大怒，於是去攻打呂布，但被呂布打敗。
秋季九月，袁術進犯陳郡，曹操向東去討伐他。
袁術聽說曹操親自來進攻，拋下軍隊逃跑了，留下他的部將橋蕤、李豐、梁綱、樂就風中淩亂隻得迎戰。
曹操到了陳郡，打敗了橋蕤等人，把他們全部斬首。
袁術逃走，渡過淮河。
曹操返回許縣。
曹操從舞陰回來的時候，南陽郡的章陵各縣又叛歸張繡。
曹操派曹洪去攻打他們，戰況不利，退回來駐守葉縣，又多次遭到張繡、劉表的襲擊。
冬季十一月，曹操親自南征，到了宛城。
劉表的部將鄧濟占據了湖陽。
曹操發兵攻占了湖陽，活捉了鄧濟，湖陽守軍投降。
曹操攻打舞陰,並攻克了那裡。
建安三年春季正月，曹操回到許縣，開始設置軍師祭酒的職位。
三月，曹操在穰縣包圍了張繡。
夏季五月，劉表派遣軍隊救援張繡，截斷曹操軍隊的後路。
曹操將要領兵退回，張繡的軍隊就來追擊，曹操的軍隊無法前進，便將軍營相連，逐漸向前。
曹操給荀彧寫信說：“賊人在追擊我，雖然我軍每天隻能走幾裡路，但是我預計，到了安眾，一定能打敗張繡。”
到了安眾，張繡與劉表的軍隊聯合駐守險要地帶，曹操的軍隊前後受敵。
曹操就在夜裡挖開險要路口，鑿通地道，把輜重全運送過去，設下奇兵。
天亮以後，對方以為曹操逃跑了，就出動全部軍隊來追趕。
曹操就發動奇兵，以步兵、騎兵兩麵夾攻，大敗敵軍。
秋季七月，曹操回到許縣。
荀彧問曹公：“此前您預計敵人一定會被打敗，為什麼呢？”
曹操說：“敵人擋住我的退路，這樣就會與我陷入死地的士兵決戰，我因此知道會勝利。”